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A. 船隻進入香港水域手續
如未獲海事處處長允許，任何船隻均不可進入香港水域。船隻的擁有人或其本地代理人或船長須在該船隻進入香港水域前不少於24小時向海事處以書面提供到達前知會申請允許。公約船隻的到達前知會須以圖文傳真(2858 6646) 或電郵 pmovtc1@mardep.gov.hk 提交到海事處船隻航行監察中心(航監中心)，而國內或澳門非公約船隻的到達前知會及 訪港遊艇／遊樂船隻 則須以圖文傳真(2359 4264) 或電郵 pmovtc1@mardep.gov.hk 提交到航監中心。油輪必須提交油輪到達通知。
B. 船隻離開香港水域手續
船長須在船隻離開香港之前，把-登在公約船舶出入口手續 非公約船舶（包括本地領牌船隻、內河／沿海／澳門船隻和訪港遊艇 及 訪港遊艇／遊樂船隻 出入口手續內的全部文件交到中區海事分處向海事處處長申請出港證。
船長須在船隻開始開出前不少於15分鐘的時間，以該船隻現時在該水域內所處的甚高頻區段適用的甚高頻頻道，向船隻航行監察中心提供船隻名稱、呼叫信號、現時的位置、下一個港口名稱、出港證編號、確認入境事務處出港證明等資料，並申請開出。
取得開出允許後(有效時間為10分鐘)，船隻須進入在航狀態並通知船隻航行監察中心。
緊急出港證
如果船隻並無有效出港證但急須離港，卻適逢中區海事分處休息，船隻航行監察中心轄下的港務室可處理緊急出港證的申請。
船公司或其代理必須預先提名代表人以辦理緊急出港證，並須向中區海事分處登記代表人姓名。代表人如有更改，必須通知中區海事分處。
申請緊急出港證時，代表人必須致電港務室（電話：2233 7808）預約，並須備妥申請書和所需文件，以及按照港務室的指示辦理手續。
申請緊急出港證除須如常繳付出港證費用外，另須繳付辦公時間以外服務費。
C. 領港
在香港，海事處處長是領港事務監督。強制領港涵蓋總註冊噸位超過3 000噸的船舶。詳情請參閱領港網頁。
D. 港口繫泊浮泡
商用船隻如欲租用政府繫泊浮泡，可參閱港口繫泊浮泡預訂及分派手續.
E. 運載危險品
遠洋或內河船舶的船東、代理人或船長，如擬用其船隻運載危險品進入香港水域，須在船隻預計抵達時間不少於 48小時前，利用海事處電子業務系統或直接向本處提交"危險貨物艙單"， 但如因合理因由而未能按上述方式及時間提交該艙單，則須在船隻抵港後立即提交 。船長須確保危險品的裝載附合《國際海運危險貨物規則》或《國際海運固體散裝貨物規則》內的相關規則。本地牌照船舶運載任何危險品，須持有有效的《船隻適合運載危險品聲明》及申請《運送許可證 (適用於第 1 類危險品以外的危險品)》或《運送許可證 (適用於第 1 類危險品) 》。如欲參閱更多資料，請瀏覽以下網址：http://www.mardep.gov.hk/tc/electronic-services/dangerous-goods-info/index.html.
F. 至 I.3. 的資料暫只載於英文網頁 。
I.4. 閑置船隻
任何長度超過50米的船隻（廢船除外）如因沒有被使用或因等候在任何法庭席前進行的任何法律程序的結果而停留於香港水域內，便須領取"閑置船隻許可證"。
載貨或未除氣的油船不准在香港水域內閑置。
申請手續
- 為船隻申請閑置泊位的代理人須填妥牌照及關務組提供的"申請閑置泊位"表格。如有查詢，請聯絡牌照及關務組（電話號碼：2667 6931）。
- 填妥的申請表須提交牌照及關務組審批，申請一經批准，代理人會獲發"閑置泊位申請審批結果"。
- 海事處收到代理人所提交證實申請獲批准的"閑置泊位申請審批結果"和申請書後，便會發出閑置船隻許可證。許可證的有效期為七天，代理人其後須再續證。
J. 船隻在香港水域內的最低安全人手編配水平
《船舶及港口管制規例》（第 313 章，附屬法例 A ）第 26(1) 條規定，任何船當處於香港水域內時，須於船上時刻載有人數足夠而海事處處長認為是既有資格亦有能力執行下述所有職責的船員，而該等職責指在顧及當時的情況後乃屬確保該船的安全而合理所需的。
下表旨在澄清"海事處處長認為"的定義：
最低安全人手 編配水平表
| 船隻狀況 | 船長 | 船長或大副 | 甲板高級船員 | 輪機長 | 輪機員 | 普通船員最低安全人手編配水平 | 備註 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 在航船隻* | 1 | 2 | 1 | 2 | 3/4 | 所有情況下均適用 | |
| 非在航船隻﹕ | |||||||
| 錨泊或繫泊浮泡 | 1 | 1 | 1 | 1/3 | 熱帶氣旋警告發出後除外 | ||
| 泊於岸邊 | 1 | 1 | 1/3 | 熱帶氣旋警告發出後除外 | |||
| 熱帶氣旋警告發出後 | 1 | 2 | 1 | 3/4 | |||
| 閑置船隻 | 1 | 1 | 1/3 | 熱帶氣旋警告發出後除外 | |||
| 閑置船隻﹕ | |||||||
| 熱帶氣旋警告發出後 | 1 | 1 | 1 | 3/4 |
* 又或是最低安全人手編配證明書（MSMC）所載的在航人手編配水平。
遵行上述最低安全人手編配水平表時須注意，有關船長、甲板高級船員和輪機人員的規定，是以實際數目表示；有關普通船員最低安全人手編配水平的規定，則以份數表示。計算普通船員最低安全人手實際數目時，應以該份數乘以船上備存的最低安全人手編配證明書（如有的話）所載甲板與機房普通船員的總人數，又或乘以該船抵達香港時船上甲板與機房普通船員的總人數。如果得出的數目並非整數，則須調高至下一個整數。
海事處處長在適當考慮某船或某類船隻的特殊情況或環境後，可自行或因應該船／該類船隻的書面申請，更改上表所載的最低安全人手編配水平。