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A. 船只进入香港水域手续
如未获海事处处长允许，任何船只均不可进入香港水域。船只的拥有人或其本地代理人或船长须在该船只进入香港水域前不少于24小时向海事处以书面提供到达前知会申请允许。公约船只的到达前知会须以图文传真(2858 6646) 或电邮 pmovtc1@mardep.gov.hk 提交到海事处船只航行监察中心(航监中心)，而国内或澳门非公约船只的到达前知会及 访港游艇／游乐船只 则须以图文传真(2359 4264) 或电邮 pmovtc1@mardep.gov.hk 提交到航监中心。油轮必须提交油轮到达通知。
B. 船只离开香港水域手续
船长须在船只离开香港之前，把-登在公约船舶出入口手续 非公约船舶（包括本地领牌船只、内河／沿海／澳门船只和访港游艇 及 访港游艇／游乐船只 出入口手续内的全部文件交到中区海事分处向海事处处长申请出港证。
船长须在船只开始开出前不少于15分钟的时间，以该船只现时在该水域内所处的甚高频区段适用的甚高频频道，向船只航行监察中心提供船只名称、呼叫信号、现时的位置、下一个港口名称、出港证编号、确认入境事务处出港证明等资料，并申请开出。
取得开出允许后(有效时间为10分钟)，船只须进入在航状态并通知船只航行监察中心。
紧急出港证
如果船只并无有效出港证但急须离港，却适逢中区海事分处休息，船只航行监察中心辖下的港务室可处理紧急出港证的申请。
船公司或其代理必须预先提名代表人以办理紧急出港证，并须向中区海事分处登记代表人姓名。代表人如有更改，必须通知中区海事分处。
申请紧急出港证时，代表人必须致电港务室（电话：2233 7808）预约，并须备妥申请书和所需文件，以及按照港务室的指示办理手续。
申请紧急出港证除须如常缴付出港证费用外，另须缴付办公时间以外服务费。
C. 领港
在香港，海事处处长是领港事务监督。强制领港涵盖总注册吨位超过3 000吨的船舶。详情请参阅领港网页。
D. 港口系泊浮泡
商用船只如欲租用政府系泊浮泡，可参阅港口系泊浮泡预订及分派手续.
E. 运载危险品
远洋或内河船舶的船东、代理人或船长，如拟用其船只运载危险品进入香港水域，须在船只预计抵达时间不少于 48小时前，利用海事处电子业务系统或直接向本处提交"危险货物舱单"， 但如因合理因由而未能按上述方式及时间提交该舱单，则须在船只抵港后立即提交 。船长须确保危险品的装载附合《国际海运危险货物规则》或《国际海运固体散装货物规则》内的相关规则。本地牌照船舶运载任何危险品，须持有有效的《船只适合运载危险品声明》及申请《运送许可证 (适用于第 1 类危险品以外的危险品)》或《运送许可证 (适用于第 1 类危险品) 》。如欲参阅更多资料，请浏览以下网址：http://www.mardep.gov.hk/sc/electronic-services/dangerous-goods-info/index.html.
F. 至 I.3. 的资料暂只载于英文网页 。
I.4. 闲置船只
任何长度超过50米的船只（废船除外）如因没有被使用或因等候在任何法庭席前进行的任何法律程序的结果而停留于香港水域内，便须领取"闲置船只许可证"。
载货或未除气的油船不准在香港水域内闲置。
申请手续
- 为船只申请闲置泊位的代理人须填妥牌照及关务组提供的"申请闲置泊位"表格。如有查询，请联络牌照及关务组（电话号码：2667 6931）。
- 填妥的申请表须提交牌照及关务组审批，申请一经批准，代理人会获发"闲置泊位申请审批结果"。
- 海事处收到代理人所提交证实申请获批准的"闲置泊位申请审批结果"和申请书后，便会发出闲置船只许可证。许可证的有效期为七天，代理人其后须再续证。
J. 船只在香港水域内的最低安全人手编配水平
《船舶及港口管制规例》（第 313 章，附属法例 A ）第 26(1) 条规定，任何船当处于香港水域内时，须于船上时刻载有人数足够而海事处处长认为是既有资格亦有能力执行下述所有职责的船员，而该等职责指在顾及当时的情况后乃属确保该船的安全而合理所需的。
下表旨在澄清"海事处处长认为"的定义：
最低安全人手 编配水平表
| 船只状况 | 船长 | 船长或大副 | 甲板高级船员 | 轮机长 | 轮机员 | 普通船员最低安全人手编配水平 | 备注 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 在航船只* | 1 | 2 | 1 | 2 | 3/4 | 所有情况下均适用 | |
| 非在航船只﹕ | |||||||
| 锚泊或系泊浮泡 | 1 | 1 | 1 | 1/3 | 热带气旋警告发出后除外 | ||
| 泊于岸边 | 1 | 1 | 1/3 | 热带气旋警告发出后除外 | |||
| 热带气旋警告发出后 | 1 | 2 | 1 | 3/4 | |||
| 闲置船只 | 1 | 1 | 1/3 | 热带气旋警告发出后除外 | |||
| 闲置船只﹕ | |||||||
| 热带气旋警告发出后 | 1 | 1 | 1 | 3/4 |
* 又或是最低安全人手编配证明书（MSMC）所载的在航人手编配水平。
遵行上述最低安全人手编配水平表时须注意，有关船长、甲板高级船员和轮机人员的规定，是以实际数目表示；有关普通船员最低安全人手编配水平的规定，则以份数表示。计算普通船员最低安全人手实际数目时，应以该份数乘以船上备存的最低安全人手编配证明书（如有的话）所载甲板与机房普通船员的总人数，又或乘以该船抵达香港时船上甲板与机房普通船员的总人数。如果得出的数目并非整数，则须调高至下一个整数。
海事处处长在适当考虑某船或某类船只的特殊情况或环境后，可自行或因应该船／该类船只的书面申请，更改上表所载的最低安全人手编配水平。