尽管受到1922年海员大罢工、1925年省港大罢工、1930年代初期经济大萧条及1930年代中日战争的影响，香港的贸易于1899至1940年间急速发展，其间参与贸易的船只超过十万艘，总吨位超过1,800万吨。贸易急速发展使大众对船政厅 (1899-1929) / 船政厅暨航空事务处 (1929-1940)的服务需求增加。随着贸易发展、1898年殖民地范围扩展至新界，以及1930年代航空服务引进香港，船政厅 / 船政厅暨航空事务处必须扩展与改变架构，以满足需求。^[25]

船政厅长负责监察港口运作的同时，亦负责检讨与香港海事有关的政策，以及向港督提交相关建议书。1899年，林士(Murray Rumsey)出任船政厅长，并在任达11年。在1899至1940年间，船政厅长按惯例须同时兼任海事裁判官和出境及海关官(Head of Emigration and Customs Office)。林士于1903年退休，掌管直布罗陀港的罗伦斯(Lionel Aubrey Walter Barnes-Lawrence)海军上校翌年抵达香港接任。除上述职务外，罗伦斯在任期间还兼任贸易局的商业情报员(Agent for Commercial Intelligence for the Board of Trade)。^[26]

1906年9月，台风猛烈吹袭香港，造成严重破坏。罗伦斯在沉重的工作压力下因病离世，在任时间仅两年。具处理灾难事故经验（例如拯救受困于沉没潜艇内的船员）的皇家战舰王冠号(HMS Diadem)领航员 ── 贝克卫斯(Charles William Beckwith)海军上尉获委任为署理船政厅长，统领部门修复港口设施。^[27]

在港口修复后，港督弥敦(Matthew Nathan)爵士于1907年3月擢升助理船政厅长泰勒(Basil Reginald Hamilton Taylor)海军中校为船政厅长，而贝克卫斯海军上尉则转任助理船政厅长，并于1910年升任海军中校。泰勒海军中校于1919年升任上校，并出任船政厅长至1920年退休，再由贝克卫斯海军中校继任。可是，贝克卫斯海军中校因突然患病，被迫于1924年退休。英国殖民地部遂委任掌管钖兰可伦坡港口的豪辂(George Francis Hole)接任。豪辂担任船政厅长一职共16年，于1940年退休。

随着香港航空业持续发展，殖民地政府于1929年决定成立隶属船政厅的航空事务处，部门亦易名为船政厅暨航空事务处(Harbour Department and Directorate of Air Services)。豪辂兼任航空事务处处长，而船政厅长下开设无线电报员、机场地勤员及总务员等多个新职位，以维持航空事务处的运作。^[28]

1926年前，助理船政厅长直属于船政厅长，在1899年至1909年间，主要职责是协助船政厅长管理部门。至1904年，为免警察与船政厅在职能上重叠，以及为求提供更多训练予水警并能向其下达更详尽的指示，助理船政厅长兼任署理助理警司，负责管理水警事务。不过，此安排只维持了一段短暂时间，成效难以评估。港督卢吉(Frederick Lugard)爵士于1909年重新推行兼任安排，惟至1920年再次中止。在部门人手严重短缺的情况下，助理船政厅长难以兼顾助理警司的职责。^[29]

1926年，豪辂向港督金文泰(Cecil Clementi)爵士要求开设副船政厅长一职，以分担助理船政厅长部分工作，减轻其工作量。最后，港督在殖民地部同意下批准有关要求。^[30]

1899至1905年间，船政厅内设有五个分部，包括船政处、火药库、灯塔、海事测量师处及进出口处。1905年，部门增设商船船员处，但进出口处于1913年独立为一个部门，故在1913至1940年间，船政厅仍然维持五个分部。

船政处

在1899至1940年间，船政厅内各分部的规模和功能持续扩充。其中船政处担当中央行政的角色，职员包括行政人员、登船主任、帆船与货船检查员、讯号员、警官及出纳员等。职员数目由1899年约60人增至1938年约140人。船政处在1899年主要负责部门的基本行政和会计工作、移民事务、帆船及轮船检查、签发牌照及许可证、根据英国贸易署所定要求举办船长及船员考试并发出证明书，以及征收费用及罚款。自新界归香港管治后，为更有效管理港口，船政处在长洲(1899)、大澳(1899)、大埔(1900)、后海湾(1901)、西贡(1902)、浪茄(1905)、屏山(1910)及大屿山(1912)设立水站，其中大埔与后海湾水站均设在水警轮上。这些水站提供的服务包括收取政府征费及罚金，以及签发牌照及许可证。^[31]

根据《1899年商船条例》，私营船运公司在获得船政厅许可后，可以月租港币5元租用一个港内浮泡作船只停泊之用，不过，租户须负责浮泡的管理和保养。1907年，海港内设有43个泡位。由于大部分码头和货仓设于香港岛的上环和西营盘，以及九龙半岛的尖沙咀，因此当时的浮泡主要集中在海港的西面。几乎所有租户均拒绝非租户使用其浮泡。尽管对浮泡的需求殷切，但逾半泡位经常闲置，招来非租户投诉，敦促政府加紧管理。

1907年，殖民地政府回应投诉，建议为非浮泡租户安排使用空置的浮泡，而这些非租户须向政府交付费用。浮泡租户与香港总商会由于在租金以外还须负责浮泡的维修费，认为政府此举对他们甚不公平，因此反对建议。政府与航运业界商讨改善浮泡安排时，又要求租户迁移位于来往香港岛与尖沙咀渡轮航线上的浮泡，以免阻碍海港西面繁忙的渡轮交通，加上政府拒绝就迁移浮泡作出赔偿，令租户的不满情绪进一步升温。^[32]

由于浮泡租户一直反对改善浮泡的安排及迁移私人浮泡的建议，加上业界对浮泡的需求不断增加，政府遂决定收回所有私人浮泡，自行管理。由1914年中起，政府发放补偿金，向租户收回浮泡。补偿金额由船政厅长、政府海事测量师及三名本地专家组成的委员会厘定。最终，政府收回及移除所有私人浮泡，并于1916年推行由船政厅辖下船政处管理的「政府海港碇泊计划」。^[33]

「政府海港碇泊计划」于1916年4月正式推行。殖民地政府在1916年于香港岛西北近岸一带设置了45个浮泡，其中七个位于湾仔运煤船锚地，专供运煤船使用；12个位于西角运米船锚地，专供运米船使用；其余浮泡设于湾仔及坚尼地城一带，供其他贸易行业使用。浮泡分A、B、C三类，其中A类占九个、B类占15个、C类占21个。A类浮泡供长400呎以上的船只使用，每日租金为港币8元；B类浮泡供长400呎以下的船只使用，日租港币6元；而C类浮泡供长300呎以下的船只使用，日租港币4元。船只抵港后如要使用浮泡，便须通知船政厅辖下的船政处。船政处会为船只安排浮泡，并向船主收取租金。^[34]

1922年海员罢工及1925至1926年省港大罢工爆发以前，香港的贸易持续上升，业界对浮泡的需求亦随之增加。1921年，政府在海港内增设更多浮泡，A、B、C三类浮泡分别增至13、19及24个，港内合共有56个浮泡。随着船只长度改变，浮泡的使用限制亦相应调整。A类浮泡改为供长400至650呎的船只使用；B类浮泡供长350至450呎的船只使用；而C类浮泡供长300呎以下的船只使用。由于政府提供的浮泡数目不能满足业界需求，政府于1924年再次批出许可予私营公司，让他们设置及保养浮泡。1930年代，受全球经济大萧条及日本侵华影响，香港航运业一落千丈，加上私人浮泡由1924年的24个急增至1931年的54个，至1940年再增至58个，令业界对政府浮泡需求大减。1931年，政府浮泡总数降至52个，而三类政府浮泡的分布与租金也有变更。A、B、C三类浮泡的数目分别为19、25及8个，而每日租金则分别上升至港币16元、12元及8元。1940年，政府浮泡总数降至48个，A、B、C三类浮泡分别为17、27及4个。^[35]

火药库

火药库主事香港的火药出入口管制，职员包括火药库监督、炮手及讯号员。职员人数由1899年的11人增至1938年的67人。为改善在香港水域内航行的船只、水站、灯塔、船政厅总部之间的联系，船政厅自1920年起多番设置与重置讯号站，包括黑头山讯号站(1920)、山顶讯号站(1920)及青洲讯号站(1928)。这些由火药库管理的讯号站有助确保香港水域的航运效率与安全。^[36]

海事测量师处

海事测量师处负责检验60吨以上的船只以签发乘客证明书或英国注册证，也负责检验出境船只、所有新建船只及所有政府小轮。此外，海事测量师处协助助理船政厅长为60吨以上的船只制订防御计划，根据英国贸易署的要求举办船主及船员考试并签发证书，以及为英国注册的新船量度吨位。海事测量师处的职员包括政府海事测量师及助理测量师。职员人数由1899年的4人上升至1938年的27人。自1914年起，由于《防止海盗条例》获得通过，海事测量师处亦负责检查来往珠江的沿岸和内河汽船，确保船上没有海盗，并配有合乎标准的反海盗设备。^[37]

灯塔

灯塔组负责灯塔的运作。1899年，香港有四座分别位于鹤咀、青洲、哥连臣角及蚊尾洲的灯塔。英国接管新界后，横澜岛灯塔的运作于1901年由中国政府转交船政厅负责。由于鹤咀灯塔与横澜岛灯塔非常接近，且作用不彰，船政厅于1905年将鹤咀灯塔交予皇家海军管理。1912年，灯笼洲灯塔建成，亦称汲星灯塔。1916年，船政厅决定关闭哥连臣角灯塔。

灯塔组职员包括首席灯塔管理员、灯塔管理员(分一至九级)、华籍司灯员及华籍助理司灯员。在这段期间，灯塔数目没有改变，故职员人数维持在20人左右。^[38]

进出口处

进出口处负责收集贸易统计数据及管理贸易事务，职员包括进出口总监及文员。十九与二十世纪之交，香港的进出口贸易发展蓬勃，进出口处因而须予扩充，职员总数由1899年的五人急增至1913年的63人。尽管船政厅大幅增加进出口处的人手，但民众仍再三投诉贸易数据有欠准确。在欠缺资源与人手提供其他服务的情况下，船政厅要求进出口处独立。1913年，进出口处正式脱离船政厅，成为处理贸易事务的独立部门。^[39]

商船船员处

1905年，船政厅设立商船船员处，管理在香港受雇的海员。商船船员处负责协助海员到船上工作，同时帮助遇到危难的海员归国。商船船员处职员包括副航运长、助理航运长、文员及一名欧洲籍警官，职员总数由1905年的4人增至1938年的6人。为了向遇到困难的海员提供更多协助，香港商船船员补助金于1933年设立，由船政厅长及四名港督委任成员组成的委员会管理。^[40]

1899年，即船政厅总部迁至中环永乐街25年后，船政厅长向殖民地政府提出在中环新填海区兴建新的船政厅总部大楼。时任船政厅长林士提出了多个理由，他指永乐街的总部过于细小、光线不足、通风欠佳及布置欠妥善。再者，总部远离海旁，邻近建筑物又遮挡了海港的视野，有碍船政厅的日常运作；而船政厅位于西营盘亦不便与其他政府部门联络。此外，在贸易持续增长的趋势下，船政厅必须增加人手，以应付沉重的工作量，可是永乐街的总部无法提供足够空间予部门增加人手或扩张。由于林士预计政府会以资金短缺为理由拒绝上述要求，因此他强调船政厅可以出售旧址的土地，并以有关收益支付兴建新总部的开支。^[41]

1900年，殖民地政府批准林士兴建新总部的要求，并提供上环新填海区的选址（即现时干诺道中与林士街之间的土地）。新址毗邻海旁，视野开扬，有利船政厅运作。同时，新址邻近政府总部，方便船政厅与其他政府部门联络。新大楼工程于1900年动工，但工程进度缓慢，共花了六年时间才告完成。船政厅于1906年迁入新总部大楼。^[42]