中国自明初逐渐失去海上霸主的地位，科技与创新领域停滞不前。对于一个拥有4,500公里延绵海岸线的国家来说，清政府的水师人数远远不足、战斗力与防御能力极度薄弱、统领阶层也完全没有做好保障沿海安宁的准备。随着人口增长，农耕收成不足以应付需求，如何使人民温饱已成为刻不容缓的问题。部分民众愤然加入海上不法分子的行列。乾隆末年（1736-1795），海盗开始联群拦截商船。在广东以东与以西的海盗活动逐渐扩展到珠江三角洲的中心地区。海盗建造的船只速度更快，且火力更强，匪帮人数亦快速增长。至嘉庆年间，以郑一为首的红旗帮掌控了超过200艘船；而其竞争对手郭婆带率领的黑旗帮，则拥有超过80艘船只。清朝水师相比之下，无论规模或实力皆显得望尘莫及。
海盗定期侵扰村落进行掠夺，更在其盘据的海域设立了「海关站」，向通过的货船收取税费，令一般贸易商危机满途。船东无奈只能支付「保护费」，才能安全通过。广东话常将这种行为称为「打单」。[35]
嘉庆十年（1805年），海盗占据大濠岛（今名大屿山）作为进攻三角洲地区的基地，随之而来的是海盗与水师对立的大规模海战。嘉庆十三年（1808年），军方舰队在位于深圳对出的孖洲之战中被海盗歼灭，司令林国良身亡。同年八月，另一支由副司令林发率领的舰队在虎门附近进行巡查，受到海盗突袭，损失数十名水兵与六艘船。[36]
嘉庆皇帝任命钦差大臣百龄前往剿盗，平息地区骚动。百龄无力建造更强大的船舰来增强水师实力，惟有封闭省内所有海港，不准船只进出，又禁止向海盗提供补给品，而此策略亦渐见成效。当海盗食粮逐渐短缺，他们只能更加频繁地掠劫村落，迫使居民与官方联手抵抗海盗。不久后，郭婆带归降百龄。
郑一死于一场台风后，其妻郑一嫂与张保继承了红旗帮。1809年，红旗帮蹂躏丰饶的三角洲地带，包括香山、东莞和新会等县，又恐吓居民，掠夺他们的农作物，作为船上的补给品。其后张保与郑一嫂及部分海盗船队沿珠江而下，集结在大屿山的东涌湾，或许是盘算下一步行动。
这消息很快传到百龄耳中，他连忙召集战船舰队（其中包括六艘驻澳门的葡萄牙战船），并即时封锁东涌湾口。无奈百龄的船舰火力不足，观察风势后，水师在一艘旧船上放火并让它漂往海盗船队，可惜风势很快转弱并改变风向，张保趁势在黑暗中强行突围，并乘风驶离。[37]
虽然这场著名的东涌之战未分胜负，百龄对张保一党所施加的压力已生效。不久之后，于1810年初，张保向百龄释出投诚意愿，表示愿意接受招安条件，并领红旗帮归降清廷。百龄果断地把握张保投诚的契机，同时派遣原来由张保与郭婆带率领的大批船队，围攻仍活跃于广东西部的海盗。此后华南沿岸大致回复平静。
尽管百龄的招安策略奏效，小规模的海盗活动在英人接管香港前仍持续地进行。
