由於海事訓練學校提供的課程與海員訓練中心及1988年成立的海事訓練學院的課程重複，海事處於2000年停辦海事訓練學校。事實上，坊間有大量私人船公司或機構提供充足的海事課程，另一方面，政府當時亦計劃大幅削減各部門的開支。其後，海事處認可私人訓練課程。申請人只須通過官方認可的考試，即可取得所需的政府牌照。2000年，海事處成立海事處訓練中心，在海事訓練學校原址提供訓練至今。^[27]

直至2013年，政府船隊共有819艘船隻，其中510艘為康樂及文化事務署轄下的船隻，大部分為非機動船隻（如海灘用的小艇和駁船）。警隊轄下管有約130艘船隻，包括36艘大型機動船、10艘大型高速船和38艘中型高速船，連同其他小型機動船（如機動子艇及充氣救生船等），令警隊成為擁有最多機動船隻的政府部門。