1941年12月至1945年8月日佔期間，日本海軍和香港佔領地總督部成立的港口管理組負責執行船政廳的部分職能。由於日本佔領香港旨在掠奪資源以支援其他地方的戰事，因此即使無官方記錄，普遍相信日本海軍取去大部分船政廳轄下的政府船隻，只留下小量供港口管理組運作之用。由於香港資源不足且日軍專注戰事，日軍在這段期間維持海軍船塢運作和關閉政府船台。政府船台遂於日佔時期暫停運作。[14]
日軍於1945年8月投降後，英國軍政府旋即於9月在香港成立，由英國皇家海軍少將夏慤(Cecil Harcourt)擔任總司令，負責重建香港。由於大量政府船隻已散失或損毀，英國軍政府須調派皇家海軍船隻在香港水域巡邏，同時恢復政府船台運作，以重建及維修政府船隻。1946年5月1日，英國軍政府正式將管治權移交殖民地政府，船政廳亦恢復大部分職能。其後，殖民地政府將船政廳暨航空事務處正式分拆為船政廳和民航處。
由於資源匱乏，政府船台不能完全恢復戰前的職能。戰後香港通貨膨脹嚴重，導致維修及重建政府船隻的成本大幅上升，政府遂將這些工作外判予私人公司，並安排從英國運輸部、海軍部及陸軍部購買和調配船隻。1947年，殖民地政府分別從運輸部、海軍部和陸軍部接收60、38和八艘船隻。這批船隻被分配到不同政府部門，包括船政廳、港口工程部 (Port Works)、農業部 (Agricultural Department)、漁業部 (Fisheries Department)、潔淨署 (Sanitary Department)、警隊、醫療局 (Medical Department)、港口衞生處 (Port Health Office)、儲備部 (Stores Department)等。大部分船隻屬於駁船、挖泥船及拖輪，也有少量巡邏船、開底船和躉船。1948年，政府船台終於全面恢復運作，全年計有288日提供服務。同年，政府船隻數目增至154艘。[15]
隨着香港貿易急速發展，政府船隻數目持續上升，有必要擴展政府船台。1951年，海事處處長占士‧祖利(James Jolly) 向財政司花露時 (Geoffrey Follows)爵士提出擴建政府船台的要求獲批，政府遂於1954年設計和建造一個可容納70呎長船隻的新船台托架，並在鄰近位置興建工場及辦公室。1956年，船台更安裝了一台電動機器，有助節省達七成人手，效率大大提高。[16]
1957年，殖民地政府宣布將於1960年關閉海軍船塢，成為政府船台吸納富經驗及高技術員工的機會。在這三年間，共108名前海軍船塢員工加入政府船台工作，大大提升船台維修政府船隻的能力。[17]
註釋
- [14]《總督部公報》（香港：香港佔地總督部，1942-1945）；《香港警備並軍政実施に関する香港占領地総督第2遣支艦隊司令長官協定覚書》，昭和17年5月（1942）；《海軍根拠地施設（海軍港務部施設）設定地区に関する覚書》，昭和17年5月（1942）；British Army Aid Group, Hong Kong (China); Leisure and Cultural Services Department & Hong Kong Museum of Coastal Defence; British Army Aid Group drawings; Hong Kong: Leisure and Cultural Service Department: Hong Kong Museum of Coastal Defence, 2010; 《香港港務部戦時日誌》，昭和19年4月1日至昭和20年5月31日（1944-1945）。
- [15]Report of “Vessels in the service of the Hong Kong Government owned by various Disposal Authorities”, 1947; Report of “Losses of Hong Kong Government owned small craft through enemy action – Positions as regards…” London, 1946; Report of the Harbour Master 1946-49.
- [16]HKRS621-1-34, Gov’t Slipway/Repair Yard, Kln Question of Future Development of the…, 13.05.1948-10.09.1973, Hong Kong Public Records Office, 8; Annual Report of Harbor Master for the year 1956-57.
- [17]Annual Report of Harbor Master for the year 1958-59, p.14.
