現時並無文件記錄1841至1868年間船政廳轄下政府船隻的數量及人員編配。不過，由於船政廳一向負責維持海上治安，普遍相信船政廳轄下有數艘船隻執行日常任務。有關船政廳轄下政府船隻的官方記錄始於1868年，記載在列有殖民地政府職員名單的藍皮書中。第一艘載於1868年藍皮書的政府船隻是船政廳轄下一艘炮艇，船員包括一名負責官員、一名海員、一名管事、一名工人和四名中國水手。^[5]

1869年的藍皮書記錄了船政廳轄下的第一艘蒸汽船布蘭奇號 (Blanche)。布蘭奇號由黃埔船塢旗下的于仁船塢公司建造，是一艘經特別設計的炮艇，用以打擊海盜。該船船員包括輪機長、副輪機長和火工各一名。布蘭奇號為船政廳服務了四年，於1873年轉交衞生署。船政廳隨即要求殖民地政府建造一艘新的蒸汽船取代布蘭奇號。新的維多利亞號 (Victoria)於1874年完工，並轉交船政廳執行任務。^[6]

由於香港貿易急速發展，加上英國於1898年正式租借新界，船政廳遂要求殖民地政府購置更多船隻，以滿足不斷上升的服務需求。自1898年至1920年代初，船政廳轄下的政府船隻數量由1898年的三艘，上升至1923年的九艘。其中於1900年建造的史丹尼號 (Stanley) 對船政廳的發展尤為重要。該船是船政廳轄下第一艘蒸汽補給船，主要在新界區執行任務，船員包括船長、水手長、舵手、輪機長、加油員、廚師、學徒、兩名火工和三名水手。^[7]史丹尼號為船政廳服務至1930年。