海員訓練中心(Seamen’s Training Centre)於2000年擴大訓練課程的涵蓋範圍，加入適用於香港的海事工業安全港口法規。該中心除了因應特定要求提供專屬課程外，也新增了有關安全事宜（如船上作業安全要求）的課程。一年後，海員訓練中心取代航海訓練學校(Nautical Training School)，為海事處人員提供訓練課程。

由於海員訓練中心的名稱無法充分反映課程性質，該中心在2003年重新命名為海事訓練學院，而其諮詢委員會也由商船訓練委員會(Merchant Navy Training Board)正式易名為海事服務業訓練委員會(Maritime Services Training Board)。海事訓練學院除了為中學畢業生提供綜合訓練之外，亦為在職海員提供有關航海業本地標準和國際要求的專業訓練。

除提供訓練外，海事訓練學院亦協助安排畢業生在遠洋船隻、高速船和內河船上實習或就業。