航運及貿易初期的發展並不理想。1844年開始就進港船隻數字作記錄，錄得538艘，共計189,257噸。其後進港船隻數目增長緩慢，於1845年錄得672艘，共計226,998噸；1848年錄得700艘，共計228,818噸；1849年錄得902艘，共計293,465噸。^[18]增長緩慢的原因眾多，主因包括海盜、非法鴉片貿易、走私食鹽、來自其他條約口岸的競爭，以及廣州貿易條件較佳，令中國商人不選擇來港等。

1850年有評論指出：「船隻自英國駛到香港的原因，僅僅是為等待中介公司的指示，卸下店鋪所需的家用商品，以及部分在廣州沒有即時需求，而最終會運到上海的貨物。船隻由印度駛往香港只為等待指令，並會旋即北上珠江或其他距離香港大概40英里的鴉片交易點……事實上，香港當時毫無吸引力，並無誘因吸引中國人將貨物帶到香港交易，或為進行貿易而定居香港」^[19]。

由於外商初期只能於新開放的條約港進行貿易，而香港的本地漁船卻能前往任何地方交易，利用漁船把香港發展為貿易中心的想法在初期相當盛行。可是，由於中方於虎門條約中限制該類貿易，殖民地政府對其想法未能實現感到失望。^[20]

香港島附近水域海盜橫行，其中搶劫商船及漁船的徐亞保和十五仔尤為惡名昭著。更有甚者，一些歐洲海員偶爾會與本地海盜聯手掠奪船隻。海盜船隊以香港為基地，本土商店除向他們補給武器及彈藥外，亦向他們提供運輸貴重貨品的商船資料，以及水警和海軍的動向情報。^[21]

在新開放條約港中，上海最為成功。位於中國最發達的長江口地區，上海旋即成為中國東部的貿易中心。^[22]與此同時，擁有良好外貿基礎的廣州繼續成為中國南部的貿易中心，直到1856年廣州十三行燒毀，外商才陸續遷到香港。

香港的航運於1850年代開始發展。進港船隻數目由1851年的1,082艘（共計377,084噸），上升至1859年的2,179艘（共計1,164,640噸），只在1857年因英法聯軍之役而短暫下跌。^[23]船隻數量上升證明貿易有所發展。香港的入口商品除了鴉片外，還包括琥珀、檳榔、樟腦、棉花、皮草、大米、肥皂、葡萄酒及羊毛製品；出口貨品則有竹製品、瓷器、珍珠、家具、象牙製品、漆製品、絲、茶葉、爆竹等。^[24]航運及貿易顯著增長的成因有數個。首先，華人人口增長（1859年人口增至86,941）令本土貿易上揚。其次，紅巾軍於珠江三角洲地區的叛亂逼使富有家庭遷往香港，為香港帶來發展貿易所需的資金與人才。1849年加州及1851年澳洲的淘金熱，則令大量華工在1850年代前往海外金礦工作。^[25]此外，北美的鐵路建設工程，以及東南亞與拉丁美洲的錫礦開採與橡膠種植，均需大量華工。航運業在1850年代末期的增長很大程度上源於有利可圖但臭名昭著的苦力貿易。鑑於苦力在船上受到的惡劣對待廣受關注及批評，殖民地政府最終在強大壓力下通過連串條例以改善有關情況。苦力貿易因而轉至澳門及其他地方經營。

與此同時，移居海外的華人仍堅持其原有的生活習慣，促使不少中國產品經香港轉口到海外的華人社區，而外國貨品亦經香港運到中國內地，南北行貿易應運而生。^[26]日本、韓國及暹羅（泰國）的開放帶來了更多貿易機會。在航運業持續發展下，香港逐漸確立轉口港的角色，並帶動了造船、修船、船隻補給、倉庫及碼頭等行業發展。