香港是远东著名的贸易港口，有悠久的船舶注册历史，可追溯到殖民地时期早年。香港从1840年代到1990年之间，并没有自己的船舶注册体系，船舶都是在英国船舶注册体系下注册。英国占领香港的最初数年，殖民地政府未获授权发出英国注册证明。1846年，殖民地政府因应实际需要上书辅政司，要求采用英国注册制度。英国刚开始管治香港的数年间，政府已经收到注册证明的申请，例如船东变更、船东公司驻于香港等个案。此外，有船只建造商要求船只在完成注册手续后，能享有与英国船只相同的权利^[1]，引发英国船舶运输注册法应否在香港这个殖民地实施的讨论。

1855年颁布的第4号法令，为殖民地的船只建立了适当的注册体系，奠定了香港船舶注册体系的基础。根据此法令，英国船只若未遵循《英国国会法》取得注册证明，不得进入香港海域；如欲取得此类殖民地注册，申请者必须向辅政司声明该船只仅用于中国贸易用途。^[2] 以其中一艘最早于英国注册体系登记的船舶约翰布莱特号(John Bright)为例，香港殖民地注册提升了该船的转让效率。该船曾多次易手，归于不同船东名下。^[3]

在1879年实行商船整并后，英国殖民地船舶注册体系作出进一步修正，并在1899年和1953年进行多次整合工作。在各式商船法拟定后，海事处负责按照法令所订的标准检验船只；船只必须符合标准，方可签发证明书予船东。

在1980年代，香港仍是英国的注册港口之一。在香港船舶注册处成立前，与注册有关的法律条文涵盖在《英国商船法》内。根据该法案第89节，负责香港船舶注册相关事宜的英国行政官员隶属港督。港督可根据该法案第4(1)(e)节任命海事处处长和副处长为船舶注册官员。所有特殊和可疑的个案都会交由伦敦的司法常务官定夺；部分案件会呈交香港律政署处理。根据英国船舶注册指示，所有在香港注册的船舶均会记录在登记册中，而注册条目副本须呈交注册处处长。

1986年，「中英联合联络小组」确定了《香港船舶注册规定》的一般条例后，设立香港船只注册处的筹备工作立即开始。为确保1997年后香港仍能维持高水平的注册审查制度，政府于1987年3月成立督导小组，负责筹划香港船舶注册修订法的详细提案。督导小组由时任财经事务副司长领导，主要职责是针对新注册的实际安排提出建议，以确保维持高水准的制度。