1941年12月至1945年8月日占期间，日本海军和香港占领地总督部成立的港口管理组负责执行船政厅的部分职能。由于日本占领香港旨在掠夺资源以支援其他地方的战事，因此即使无官方记录，普遍相信日本海军取去大部分船政厅辖下的政府船只，只留下小量供港口管理组运作之用。由于香港资源不足且日军专注战事，日军在这段期间维持海军船坞运作和关闭政府船台。政府船台遂于日占时期暂停运作。[14]
日军于1945年8月投降后，英国军政府旋即于9月在香港成立，由英国皇家海军少将夏悫(Cecil Harcourt)担任总司令，负责重建香港。由于大量政府船只已散失或损毁，英国军政府须调派皇家海军船只在香港水域巡逻，同时恢复政府船台运作，以重建及维修政府船只。1946年5月1日，英国军政府正式将管治权移交殖民地政府，船政厅亦恢复大部分职能。其后，殖民地政府将船政厅暨航空事务处正式分拆为船政厅和民航处。
由于资源匮乏，政府船台不能完全恢复战前的职能。战后香港通货膨胀严重，导致维修及重建政府船只的成本大幅上升，政府遂将这些工作外判予私人公司，并安排从英国运输部、海军部及陆军部购买和调配船只。1947年，殖民地政府分别从运输部、海军部和陆军部接收60、38和八艘船只。这批船只被分配到不同政府部门，包括船政厅、港口工程部 (Port Works)、农业部 (Agricultural Department)、渔业部 (Fisheries Department)、洁净署 (Sanitary Department)、警队、医疗局 (Medical Department)、港口卫生处 (Port Health Office)、储备部 (Stores Department)等。大部分船只属于驳船、挖泥船及拖轮，也有少量巡逻船、开底船和趸船。1948年，政府船台终于全面恢复运作，全年计有288日提供服务。同年，政府船只数目增至154艘。[15]
随着香港贸易急速发展，政府船只数目持续上升，有必要扩展政府船台。1951年，海事处处长占士．祖利(James Jolly) 向财政司花露时 (Geoffrey Follows)爵士提出扩建政府船台的要求获批，政府遂于1954年设计和建造一个可容纳70呎长船只的新船台托架，并在邻近位置兴建工场及办公室。1956年，船台更安装了一台电动机器，有助节省达七成人手，效率大大提高。[16]
1957年，殖民地政府宣布将于1960年关闭海军船坞，成为政府船台吸纳富经验及高技术员工的机会。在这三年间，共108名前海军船坞员工加入政府船台工作，大大提升船台维修政府船只的能力。[17]
注释
- [14]《总督部公报》（香港：香港占地总督部，1942-1945）；《香港警备并军政实施に关する香港占领地总督第2遣支舰队司令长官协定觉书》，昭和17年5月（1942）；《海军根据地施设（海军港务部施设）设定地区に关する觉书》，昭和17年5月（1942）；British Army Aid Group, Hong Kong (China); Leisure and Cultural Services Department & Hong Kong Museum of Coastal Defence; British Army Aid Group drawings; Hong Kong: Leisure and Cultural Service Department: Hong Kong Museum of Coastal Defence, 2010; 《香港港务部战时日志》，昭和19年4月1日至昭和20年5月31日（1944-1945）。
- [15]Report of “Vessels in the service of the Hong Kong Government owned by various Disposal Authorities”, 1947; Report of “Losses of Hong Kong Government owned small craft through enemy action – Positions as regards…” London, 1946; Report of the Harbour Master 1946-49.
- [16]HKRS621-1-34, Gov’t Slipway/Repair Yard, Kln Question of Future Development of the…, 13.05.1948-10.09.1973, Hong Kong Public Records Office, 8; Annual Report of Harbor Master for the year 1956-57.
- [17]Annual Report of Harbor Master for the year 1958-59, p.14.
