建造新海军船坞的招标结果于1900年初刊宪。招标承投的工程包括扩展美利码头(Murray Pier)至军器厂街的沿岸范围，五间英国公司及本地的利安公司(Messrs. Leigh & Orange)获邀参与投标；最终潘麦罗公司 (Punchard, McTaggart, and Lowther Company Limited)以100万英镑工程造价中标[37]，并于1900年中在维多利亚游乐会(Victoria Recreation Club)拆卸后展开工程。香港黄埔船坞公司提供挖泥船协助清走海底淤泥，为海堤奠基。该挖泥船名为广东河号(Canton River)，可载重750吨，为英国佩斯利公司(Fleming and Ferguson of Paisley)所造[38]。船政厅把青州对开海面规划为倾倒区，以处理挖出的淤泥。
1902年1月15日，包和(F. Powell)指挥官的夫人为船坞奠下基石[39]。船坞在57年后（即1959年）关闭时，在基石下发现当时埋下的文物，包括三份报纸（德臣西报、孖剌西报及士蔑报）、六个香港硬币，以及一份船坞扩建计划，所有文物均完整无缺[40]。
第二次世界大战后第一次裁员
1948年2月，港督葛量洪(Alexander William George Herder Grantham)爵士公布英国国会决定缩减太平洋舰队的规模，香港海军船坞亦要跟随该项决定，遣散35%人手；并先于同年三月底前裁15%的员工，六月底前再裁20%。当时海军船坞于香港仔、九龙及中环共聘用9,000名雇员。工会要求赔偿受影响员工，以及未来招聘时优先聘用是次被解雇的人员。工会在内地力量支持下坚持有关要求，唯未能起作用。即使本地船坞及港督皆对事件表示同情，但亦只能根据各英国殖民地施行的赔偿政策办事。故此，裁员计划在工会反对下继续进行。
关闭海军船坞 ── 完整海岸线的诞生
1957年11月29日，本地报章皆报道了英国政府决定关闭香港海军船坞的消息，指出当局将分阶段关闭船坞，并于1959年11月30日完成计划，受影响雇员达4,000人。关闭船坞的决定有效解决困扰港岛近百年的交通樽颈问题，并可释放更多土地。港督葛量洪爵士在其著作Via Ports: From Hong Kong to Hong Kong [41]中表示：「我记得自己曾对山地(Sandys)先生说：『非常好，如果你减少驻军，我们便可相应地减少军费支出』，唯他回应说不会受此威胁。事件在我离开香港后才得到解决。香港在两方面全输：驻军减少了，但军费支出却增加了。」
