香港是遠東著名的貿易港口，有悠久的船舶註冊歷史，可追溯到殖民地時期早年。香港從1840年代到1990年之間，並沒有自己的船舶註冊體系，船舶都是在英國船舶註冊體系下註冊。英國佔領香港的最初數年，殖民地政府未獲授權發出英國註冊證明。1846年，殖民地政府因應實際需要上書輔政司，要求採用英國註冊制度。英國剛開始管治香港的數年間，政府已經收到註冊證明的申請，例如船東變更、船東公司駐於香港等個案。此外，有船隻建造商要求船隻在完成註冊手續後，能享有與英國船隻相同的權利^[1]，引發英國船舶運輸註冊法應否在香港這個殖民地實施的討論。

1855年頒布的第4號法令，為殖民地的船隻建立了適當的註冊體系，奠定了香港船舶註冊體系的基礎。根據此法令，英國船隻若未遵循《英國國會法》取得註冊證明，不得進入香港海域；如欲取得此類殖民地註冊，申請者必須向輔政司聲明該船隻僅用於中國貿易用途。^[2] 以其中一艘最早於英國註冊體系登記的船舶約翰布萊特號(John Bright)為例，香港殖民地註冊提升了該船的轉讓效率。該船曾多次易手，歸於不同船東名下。^[3]

在1879年實行商船整併後，英國殖民地船舶註冊體系作出進一步修正，並在1899年和1953年進行多次整合工作。在各式商船法擬定後，海事處負責按照法令所訂的標準檢驗船隻；船隻必須符合標準，方可簽發證明書予船東。

在1980年代，香港仍是英國的註冊港口之一。在香港船舶註冊處成立前，與註冊有關的法律條文涵蓋在《英國商船法》內。根據該法案第89節，負責香港船舶註冊相關事宜的英國行政官員隸屬港督。港督可根據該法案第4(1)(e)節任命海事處處長和副處長為船舶註冊官員。所有特殊和可疑的個案都會交由倫敦的司法常務官定奪；部分案件會呈交香港律政署處理。根據英國船舶註冊指示，所有在香港註冊的船舶均會記錄在登記冊中，而註冊條目副本須呈交註冊處處長。

1986年，「中英聯合聯絡小組」確定了《香港船舶註冊規定》的一般條例後，設立香港船隻註冊處的籌備工作立即開始。為確保1997年後香港仍能維持高水平的註冊審查制度，政府於1987年3月成立督導小組，負責籌劃香港船舶註冊修訂法的詳細提案。督導小組由時任財經事務副司長領導，主要職責是針對新註冊的實際安排提出建議，以確保維持高水準的制度。