儘管受到1922年海員大罷工、1925年省港大罷工、1930年代初期經濟大蕭條及1930年代中日戰爭的影響，香港的貿易於1899至1940年間急速發展，其間參與貿易的船隻超過十萬艘，總噸位超過1,800萬噸。貿易急速發展使大眾對船政廳 (1899-1929) / 船政廳暨航空事務處 (1929-1940)的服務需求增加。隨着貿易發展、1898年殖民地範圍擴展至新界，以及1930年代航空服務引進香港，船政廳 / 船政廳暨航空事務處必須擴展與改變架構，以滿足需求。^[25]

船政廳長負責監察港口運作的同時，亦負責檢討與香港海事有關的政策，以及向港督提交相關建議書。1899年，林士(Murray Rumsey)出任船政廳長，並在任達11年。在1899至1940年間，船政廳長按慣例須同時兼任海事裁判官和出境及海關官(Head of Emigration and Customs Office)。林士於1903年退休，掌管直布羅陀港的羅倫斯(Lionel Aubrey Walter Barnes-Lawrence)海軍上校翌年抵達香港接任。除上述職務外，羅倫斯在任期間還兼任貿易局的商業情報員(Agent for Commercial Intelligence for the Board of Trade)。^[26]

1906年9月，颱風猛烈吹襲香港，造成嚴重破壞。羅倫斯在沉重的工作壓力下因病離世，在任時間僅兩年。具處理災難事故經驗（例如拯救受困於沉沒潛艇內的船員）的皇家戰艦王冠號(HMS Diadem)領航員 ── 貝克衛斯(Charles William Beckwith)海軍上尉獲委任為署理船政廳長，統領部門修復港口設施。^[27]

在港口修復後，港督彌敦(Matthew Nathan)爵士於1907年3月擢升助理船政廳長泰勒(Basil Reginald Hamilton Taylor)海軍中校為船政廳長，而貝克衛斯海軍上尉則轉任助理船政廳長，並於1910年升任海軍中校。泰勒海軍中校於1919年升任上校，並出任船政廳長至1920年退休，再由貝克衛斯海軍中校繼任。可是，貝克衛斯海軍中校因突然患病，被迫於1924年退休。英國殖民地部遂委任掌管鍚蘭可倫坡港口的豪輅(George Francis Hole)接任。豪輅擔任船政廳長一職共16年，於1940年退休。

隨着香港航空業持續發展，殖民地政府於1929年決定成立隸屬船政廳的航空事務處，部門亦易名為船政廳暨航空事務處(Harbour Department and Directorate of Air Services)。豪輅兼任航空事務處處長，而船政廳長下開設無線電報員、機場地勤員及總務員等多個新職位，以維持航空事務處的運作。^[28]

1926年前，助理船政廳長直屬於船政廳長，在1899年至1909年間，主要職責是協助船政廳長管理部門。至1904年，為免警察與船政廳在職能上重疊，以及為求提供更多訓練予水警並能向其下達更詳盡的指示，助理船政廳長兼任署理助理警司，負責管理水警事務。不過，此安排只維持了一段短暫時間，成效難以評估。港督盧吉(Frederick Lugard)爵士於1909年重新推行兼任安排，惟至1920年再次中止。在部門人手嚴重短缺的情況下，助理船政廳長難以兼顧助理警司的職責。^[29]

1926年，豪輅向港督金文泰(Cecil Clementi)爵士要求開設副船政廳長一職，以分擔助理船政廳長部分工作，減輕其工作量。最後，港督在殖民地部同意下批准有關要求。^[30]

1899至1905年間，船政廳內設有五個分部，包括船政處、火藥庫、燈塔、海事測量師處及進出口處。1905年，部門增設商船船員處，但進出口處於1913年獨立為一個部門，故在1913至1940年間，船政廳仍然維持五個分部。

船政處

在1899至1940年間，船政廳內各分部的規模和功能持續擴充。其中船政處擔當中央行政的角色，職員包括行政人員、登船主任、帆船與貨船檢查員、訊號員、警官及出納員等。職員數目由1899年約60人增至1938年約140人。船政處在1899年主要負責部門的基本行政和會計工作、移民事務、帆船及輪船檢查、簽發牌照及許可證、根據英國貿易署所定要求舉辦船長及船員考試並發出證明書，以及徵收費用及罰款。自新界歸香港管治後，為更有效管理港口，船政處在長洲(1899)、大澳(1899)、大埔(1900)、后海灣(1901)、西貢(1902)、浪茄(1905)、屏山(1910)及大嶼山(1912)設立水站，其中大埔與后海灣水站均設在水警輪上。這些水站提供的服務包括收取政府徵費及罰金，以及簽發牌照及許可證。^[31]

根據《1899年商船條例》，私營船運公司在獲得船政廳許可後，可以月租港幣5元租用一個港內浮泡作船隻停泊之用，不過，租戶須負責浮泡的管理和保養。1907年，海港內設有43個泡位。由於大部分碼頭和貨倉設於香港島的上環和西營盤，以及九龍半島的尖沙咀，因此當時的浮泡主要集中在海港的西面。幾乎所有租戶均拒絕非租戶使用其浮泡。儘管對浮泡的需求殷切，但逾半泡位經常閒置，招來非租戶投訴，敦促政府加緊管理。

1907年，殖民地政府回應投訴，建議為非浮泡租戶安排使用空置的浮泡，而這些非租戶須向政府交付費用。浮泡租戶與香港總商會由於在租金以外還須負責浮泡的維修費，認為政府此舉對他們甚不公平，因此反對建議。政府與航運業界商討改善浮泡安排時，又要求租戶遷移位於來往香港島與尖沙咀渡輪航線上的浮泡，以免阻礙海港西面繁忙的渡輪交通，加上政府拒絕就遷移浮泡作出賠償，令租戶的不滿情緒進一步升溫。^[32]

由於浮泡租戶一直反對改善浮泡的安排及遷移私人浮泡的建議，加上業界對浮泡的需求不斷增加，政府遂決定收回所有私人浮泡，自行管理。由1914年中起，政府發放補償金，向租戶收回浮泡。補償金額由船政廳長、政府海事測量師及三名本地專家組成的委員會釐定。最終，政府收回及移除所有私人浮泡，並於1916年推行由船政廳轄下船政處管理的「政府海港碇泊計劃」。^[33]

「政府海港碇泊計劃」於1916年4月正式推行。殖民地政府在1916年於香港島西北近岸一帶設置了45個浮泡，其中七個位於灣仔運煤船錨地，專供運煤船使用；12個位於西角運米船錨地，專供運米船使用；其餘浮泡設於灣仔及堅尼地城一帶，供其他貿易行業使用。浮泡分A、B、C三類，其中A類佔九個、B類佔15個、C類佔21個。A類浮泡供長400呎以上的船隻使用，每日租金為港幣8元；B類浮泡供長400呎以下的船隻使用，日租港幣6元；而C類浮泡供長300呎以下的船隻使用，日租港幣4元。船隻抵港後如要使用浮泡，便須通知船政廳轄下的船政處。船政處會為船隻安排浮泡，並向船主收取租金。^[34]

1922年海員罷工及1925至1926年省港大罷工爆發以前，香港的貿易持續上升，業界對浮泡的需求亦隨之增加。1921年，政府在海港內增設更多浮泡，A、B、C三類浮泡分別增至13、19及24個，港內合共有56個浮泡。隨着船隻長度改變，浮泡的使用限制亦相應調整。A類浮泡改為供長400至650呎的船隻使用；B類浮泡供長350至450呎的船隻使用；而C類浮泡供長300呎以下的船隻使用。由於政府提供的浮泡數目不能滿足業界需求，政府於1924年再次批出許可予私營公司，讓他們設置及保養浮泡。1930年代，受全球經濟大蕭條及日本侵華影響，香港航運業一落千丈，加上私人浮泡由1924年的24個急增至1931年的54個，至1940年再增至58個，令業界對政府浮泡需求大減。1931年，政府浮泡總數降至52個，而三類政府浮泡的分布與租金也有變更。A、B、C三類浮泡的數目分別為19、25及8個，而每日租金則分別上升至港幣16元、12元及8元。1940年，政府浮泡總數降至48個，A、B、C三類浮泡分別為17、27及4個。^[35]

火藥庫

火藥庫主事香港的火藥出入口管制，職員包括火藥庫監督、砲手及訊號員。職員人數由1899年的11人增至1938年的67人。為改善在香港水域內航行的船隻、水站、燈塔、船政廳總部之間的聯繫，船政廳自1920年起多番設置與重置訊號站，包括黑頭山訊號站(1920)、山頂訊號站(1920)及青洲訊號站(1928)。這些由火藥庫管理的訊號站有助確保香港水域的航運效率與安全。^[36]

海事測量師處

海事測量師處負責檢驗60噸以上的船隻以簽發乘客證明書或英國註冊證，也負責檢驗出境船隻、所有新建船隻及所有政府小輪。此外，海事測量師處協助助理船政廳長為60噸以上的船隻制訂防禦計劃，根據英國貿易署的要求舉辦船主及船員考試並簽發證書，以及為英國註冊的新船量度噸位。海事測量師處的職員包括政府海事測量師及助理測量師。職員人數由1899年的4人上升至1938年的27人。自1914年起，由於《防止海盜條例》獲得通過，海事測量師處亦負責檢查來往珠江的沿岸和內河汽船，確保船上沒有海盜，並配有合乎標準的反海盜設備。^[37]

燈塔

燈塔組負責燈塔的運作。1899年，香港有四座分別位於鶴咀、青洲、哥連臣角及蚊尾洲的燈塔。英國接管新界後，橫瀾島燈塔的運作於1901年由中國政府轉交船政廳負責。由於鶴咀燈塔與橫瀾島燈塔非常接近，且作用不彰，船政廳於1905年將鶴咀燈塔交予皇家海軍管理。1912年，燈籠洲燈塔建成，亦稱汲星燈塔。1916年，船政廳決定關閉哥連臣角燈塔。

燈塔組職員包括首席燈塔管理員、燈塔管理員(分一至九級)、華籍司燈員及華籍助理司燈員。在這段期間，燈塔數目沒有改變，故職員人數維持在20人左右。^[38]

進出口處

進出口處負責收集貿易統計數據及管理貿易事務，職員包括進出口總監及文員。十九與二十世紀之交，香港的進出口貿易發展蓬勃，進出口處因而須予擴充，職員總數由1899年的五人急增至1913年的63人。儘管船政廳大幅增加進出口處的人手，但民眾仍再三投訴貿易數據有欠準確。在欠缺資源與人手提供其他服務的情況下，船政廳要求進出口處獨立。1913年，進出口處正式脫離船政廳，成為處理貿易事務的獨立部門。^[39]

商船船員處

1905年，船政廳設立商船船員處，管理在香港受僱的海員。商船船員處負責協助海員到船上工作，同時幫助遇到危難的海員歸國。商船船員處職員包括副航運長、助理航運長、文員及一名歐洲籍警官，職員總數由1905年的4人增至1938年的6人。為了向遇到困難的海員提供更多協助，香港商船船員補助金於1933年設立，由船政廳長及四名港督委任成員組成的委員會管理。^[40]

1899年，即船政廳總部遷至中環永樂街25年後，船政廳長向殖民地政府提出在中環新填海區興建新的船政廳總部大樓。時任船政廳長林士提出了多個理由，他指永樂街的總部過於細小、光線不足、通風欠佳及布置欠妥善。再者，總部遠離海旁，鄰近建築物又遮擋了海港的視野，有礙船政廳的日常運作；而船政廳位於西營盤亦不便與其他政府部門聯絡。此外，在貿易持續增長的趨勢下，船政廳必須增加人手，以應付沉重的工作量，可是永樂街的總部無法提供足夠空間予部門增加人手或擴張。由於林士預計政府會以資金短缺為理由拒絕上述要求，因此他強調船政廳可以出售舊址的土地，並以有關收益支付興建新總部的開支。^[41]

1900年，殖民地政府批准林士興建新總部的要求，並提供上環新填海區的選址（即現時干諾道中與林士街之間的土地）。新址毗鄰海旁，視野開揚，有利船政廳運作。同時，新址鄰近政府總部，方便船政廳與其他政府部門聯絡。新大樓工程於1900年動工，但工程進度緩慢，共花了六年時間才告完成。船政廳於1906年遷入新總部大樓。^[42]