航運政策科以海事處助理處長為首，輔以兩名首席驗船主任、六名高級驗船主任、五名驗船主任。

航運政策科的職能為研訂技術政策、技術標準、規管國際和沿岸航運相關法例，尤以安全、海上保安、海員、環境保護等範疇為然。

該科積極參與國際海事組織、其他相關國際組織所主辦的會議和其他活動，藉以跟上最新發展。

該科還負責聯繫、諮詢本港航運業、相關政府決策局和部門，把安全、海上保安、海洋環保標準、海員配置和培訓，以及其他國際航運事宜的最新發展知會他們，方便遵循最新要求。

該科統籌、安排海事處驗船主任所需培訓；並就管理香港註冊船舶方面給船舶事務科提供技術建議。

該科轄下的海事意外調查部專責調查所有發生在香港水域內或關系香港註冊船舶的海上意外事故，以期避免同類事故重演，並提高安全標準。