航运政策科以海事处助理处长为首，辅以两名首席验船主任、六名高级验船主任、五名验船主任。

航运政策科的职能为研订技术政策、技术标准、规管国际和沿岸航运相关法例，尤以安全、海上保安、海员、环境保护等范畴为然。

该科积极参与国际海事组织、其他相关国际组织所主办的会议和其他活动，借以跟上最新发展。

该科还负责联系、咨询本港航运业、相关政府决策局和部门，把安全、海上保安、海洋环保标准、海员配置和培训，以及其他国际航运事宜的最新发展知会他们，方便遵循最新要求。

该科统筹、安排海事处验船主任所需培训；并就管理香港注册船舶方面给船舶事务科提供技术建议。

该科辖下的海事意外调查部专责调查所有发生在香港水域内或关系香港注册船舶的海上意外事故，以期避免同类事故重演，并提高安全标准。