Cảng Hồng Kông khác biệt ở chỗ không có cơ quan quản lý cảng để cung cấp tất cả cơ sở hạ tầng cảng và kiểm soát. Hầu hết các cơ sở cảng đều do tư nhân sở hữu và vận hành, với sự can thiệp tối thiểu từ chính phủ.

Bộ Hàng Hải, do Giám Đốc Hàng Hải đứng đầu, chịu trách nhiệm về mọi vấn đề hàng hải ở Hồng Kông và tiêu chuẩn an toàn của tất cả các loại và các hạng tàu thuyền. Sứ mệnh của chúng tôi là "Chúng ta đoàn kết trong việc Thúc Đẩy Sự Xuất Sắc Trong Dịch Vụ Hàng Hải". Tóm lại, các chức năng chúng tôi thực hiện là để

• tạo điều kiện thuận lợi cho việc di chuyển an toàn và nhanh chóng của tàu thuyền, hàng hóa và hành khách trong vùng biển Hồng Kông;
• đảm bảo tuân thủ các tiêu chuẩn an toàn quốc tế và địa phương cũng như bảo vệ môi trường biển đối với tàu thuyền được đăng ký và cấp phép tại Hồng Kông và sử dụng vùng biển Hồng Kông;
• quản lý Cơ quan Đăng ký Vận chuyển Hồng Kông và phát triển các chính sách, tiêu chuẩn và luật pháp phù hợp với các công ước quốc tế;
• đảm bảo tuân thủ các yêu cầu quốc tế và địa phương về năng lực của thuyền viên đối với tàu thuyền được đăng ký và cấp phép tại Hồng Kông và sử dụng vùng biển của Hồng Kông, đồng thời quản lý việc đăng ký và tuyển dụng thuyền viên Hồng Kông;
• phối hợp các hoạt động tìm kiếm và cứu nạn hàng hải trong khu vực trách nhiệm quốc tế của Hồng Kông và đảm bảo tuân thủ công ước quốc tế;
• chống ô nhiễm dầu ở vùng biển Hồng Kông, thu gom rác thải do tàu thuyền tạo ra và nhặt rác trôi nổi ở các khu vực cụ thể của vùng biển Hồng Kông; và
• cung cấp và duy trì số lượng tàu chính phủ cần thiết cho các cơ quan để tiến hành hoạt động kinh doanh của họ theo cách hiệu quả nhất về mặt chi phí.